Patogenees uurib haiguse ja sellega seotud sündmuste ahela arengut, mis sammhaaval määrab kahjustatud elundite rakkude ja kudede morfofunktsionaalsed muutused. Need muutused võivad olla põhjustatud keemilistest, füüsilistest või bioloogilistest mõjuritest (viirused, bakterid jne).
Kuigi etioloogia määratleb põhjused, uurib patogenees selle tagajärgi.
Meditsiiniliste tekstide lugemisel võime seega nendega kokku puutuda näiteks: mikroobse patogeneesi, põletikulise patogeneesi, viirusliku patogeneesi, pahaloomulise patogeneesi (haiguse kalduvus, tavaliselt kasvaja, halveneda järk-järgult, et saada potentsiaalselt surmavaks). Paljud haigused tunnevad ära erinevaid põhjuslikke tegureid (multifaktoriaalne etioloogia) ja veelgi enam on neid, mida iseloomustavad erinevad evolutsioonimehhanismid (mitmekordne patogenees).
