Kuigi täna võib tunduda ilmselge, on aastatuhandeid inimene ignoreerinud asjaolu, et mikroskoopilised organismid põhjustasid teatud haigusi.
Kuni 1600. aastani peeti kehtivaks spontaanse põlvkonna teooriat, mille kohaselt tekivad mõned organismid iseenesest elusainest. Klassikaline näide on vastsed, keda arvatakse, et neid ei ole võimalik saada lõhustava liha tükis.
Esimene, mis tunnistas selle teooria kehtetuks, oli Francesco Redi, Toscana suurhertsogi isiklik arst. Redi pani kaks tükki värsket liha kaheks eraldi mahutiks, jättes esimese lahtise ja kaitses teist võrkkestaga kärbest. Mõne päeva pärast märkas ta, et ainult avatud konteinerisse ronisid vastsed. Seetõttu näitas Redi, et vastsed ei ole tekkinud miski, vaid tulenevad kärbeste munadest.
Mikroorganismide olemasolu hakkas rääkima alles 18. sajandil tänu Modenese Lazzaro Spallanzani uuringutele, kes esmakordselt meditsiinikirjanduses kasutasid mõisteid "idu". Kuid bakterite avastamise põhjuseks on tekstiilikaupmees Antony Leeuwenhoek (1632-1723).
Leeuwenhoek täheldas, kuidas pärast hammaste harjamist olid "elusolendid" hambakivi ladestustes. Seda avastamist võimaldas optilise mikroskoobi optimeerimine, mida Leeuwenhoek ise ehitas ja mis hiljem paranes.
Kaasaegse mikroskoobi ilmumine avas aga uued küsimused spontaanse põlvkonna teooria kohta. Esimeste tähelepanekute põhjal tundus, et orgaanilise aine lihtne kokkupuude õhuga põhjustas lühikese aja jooksul mikroobide tekke oma pinnal.
Prantsuse bioloog Louis Pasteur sekkus, et eitada spontaanse mikroobide põlvkonna hüpoteesi. Pasteur keedeti mõnda puljongit pika kaelaga klaaspudelis, mis oli varustatud spetsiaalse S-kujuga nokaga, et vältida tolmu (ja bakterite) sattumist. Pasteur täheldas, et tänu nendele seadmetele ei tekkinud puljongis baktereid ja seetõttu ei genereerita mikroobe spontaanselt.
