Kariuse põhjustavad mõned suuõõnes olevad bakterid, mis toituvad toiduga kaasasolevatest suhkrutest ja toodavad happe metaboliite, millel on söövitav toime hamba kõvadele kudedele.
Inimese suuõõnes on mitu sadu mikroobiliiki, kuid ainult mõned neist on seotud kaariese etiopatogeneesiga. Kõige olulisemad ja tuntud kariogeensed liigid on Streptococcus mutans ; siiski võib karioossetes kahjustustes leida teisi kariogeenseid mikroobe, kaasa arvatud streptokokid ( S. oralis , S. sanguis , S.mitis ), laktobatsillid ja aktinomükeedid.
Lisaks mikroelementide fermenteerimisele koos toiduga (eriti sahharoos, glükoos, fruktoos ja laktoos) on neil mikroorganismidel oluline hambapind, millele nad ankurduvad, põhjustades naastu.
Bakterite poolt toodetud happed demineraliseerivad emaili ja dentiini anorgaanilise komponendi, samas kui bakteriaalse päritoluga proteolüütilised ensüümid ründavad ka nende kudede orgaanilist komponenti.
Acidogeensed bakterid on samuti võimelised taluma madalaid pH tasemeid, mis valivad need teiste kommensaalsete liikide arvelt, luues seega nõiaringi, mis toidab kaariese progresseerumist.
Kaasaegne teooria kaariese etiopatogeneesi kohta töötati välja eelmise sajandi alguses. 1915. aastal demonstreeris Klinger lactobacillide esinemist südamekahjustustes ja vähemalt kuni 1960ndateni peeti neid baktereid vääralt peamisteks kaariese eest vastutavateks mikroorganismideks. Alles 1960. aastatel pakuti Streptococcus mutans - esmakordselt Clarkest 1924. aastal inimkärbumiste puhul isoleeritult - esmakordselt erinevate uurijate rühmade peamiseks vastutajaks kaariese eest.
Kariogeensete bakterite toimet tasakaalustab sülg tänu oma molekulide sisaldusele, näiteks:
- bikarbonaat, mis suudab happe pH-d puhastada;
- kaltsiumi, fosfaadi ja fluori ioonid, mis asendavad hapetega muudetud emaili kristallstruktuuri;
- lüsosüüm ja laktoferriin (antibakteriaalsete omadustega ensüümid) ja immunoglobuliinid (antikehad);
- vesi, mille pesemisvõime vähendab nii bakterite tihedust kui ka toidujääke, kõrvaldades sööda eest kaariese eest vastutavad bakterid.
