Marburgi viiruse täpne päritolu pole veel teada. Praegu arvatakse, et haigus, mille eest ta vastutab, võib olla zoonoos, mida säilitab üks või mitu Aafrika mandri loomast. Seni ei ole seni tehtud uuringud võimaldanud tuvastada haiguse looduslikku reservuaari, kuigi on analüüsitud paljusid selgroogseid ja lülijalgseid.
Maailma Tervishoiuorganisatsiooni andmetel ei ole inimesed viiruse loomuliku tsükli osaks, mistõttu nakatumine tuleneb põhimõtteliselt juhuslikust kontaktist teise nakatunud primaadiga. Tegelikult on dokumenteeritud mõnede ahviliikide kaudu edastamine, mis tõenäoliselt toimib Marburgi viiruse "võimendavate peremeestena". Lisaks sellele näitavad mõned tõendid, et primaadid võivad omakorda olla nakatunud nahkhiirte kokkupuutega.
