Mao sisu tugev happesus muudab kõhuga viiruste ja bakterite jaoks eriti vaenuliku keskkonna. Ainult üks liik, Helicobacter pylori, suudab püsivalt ellu jääda ja koloniseerida inimese mao limaskesta. Ülejäänud osas hävitatakse enamik allaneelatud mikroorganisme mõne minuti jooksul kiiresti.
Mitmed in vitro uuringud on näidanud, et laia ja tõhusa bakteritsiidse toime saavutamiseks peab pH olema eriti madal. Täpsemalt tapab 2, 0-ga võrdne või sellest väiksem pH tavaliselt kõiki baktereid; samasugune happesus on maos ainult tühja kõhuga, samal ajal kui pärast sööki tõstab toit (peamine vahend, millega bakterid tungivad maosse) ajutiselt pH väärtusele 4-5.
Samuti on vaja arvestada ajafaktorit, kuna mida madalam on pH ja seda vähem aega on vaja täieliku bakteritsiidse toime saavutamiseks ja vastupidi. Kuid pH väärtustel üle 3, 5 on väga väike bakteritsiidne toime, samas kui pH üle 4 on bakteritsiidse nulliga.
Hiljutised teaduslikud tõendid näitavad, et bakteritsiidne aktiivsus määratakse lisaks maohappe happelisusele ka pepsiin (proteolüütiline ensüüm, mis on seotud valkude seedimisega). Teatavaid antibiootilisi toimeid avaldavad ka teatud maomahlas sisalduvad ensüümid, nagu defensiinid ja laktoferriin.
Mikroobide esiküljel võib erinevate mikroorganismide mao mahlaste bakteritsiidse aktiivsuse säilimist soodustada seos mõne toidu koostisosaga; näiteks on näidatud, et salmonelloosi virulentsus on selgelt parem, kui see viiakse toidukanalisse saastunud valgutoiduga (nt munad või liha).
On selge, et isegi antatsiidide või prootonpumba inhibiitorite kasutamine, vähendades mao pH, soodustab bakterite ellujäämist maos. Lisaks suureneb bakterite koormus (neelatud bakterite arv), et suureneb tõenäosus, et mõned mikroorganismid ellu jäävad.
Arvesse tuleb võtta ka toksiinide ja eosed. Mürgised ained on bakterite või nende koostisosade poolt toodetud ained, mis võivad tekitada kahju (toidumürgitus) isegi siis, kui bakter tapetakse maohappesuse tõttu. Sporad on pigem vaiksed vormid, milles mõned bakterid taanduvad, kui keskkonnatingimused on ebasoodsad, neid tuleb taasaktiveerida niipea, kui asjaolud seda võimaldavad; näiteks Clostridium difficile spoorid ületavad mao happesuse tervena ja seejärel idanevad maos.
Võrreldes bakteritega on viirustel üldiselt suurem võimalus mao happelises keskkonnas elada. Ei ole üllatav, et viirused, mis kuuluvad perekondadesse Norovirus (Norwalk viirus), Rotavirus, Astrovirus ja Adenovirus, on sageli seotud nakkuslike kõhulahtisuse vormide (viirusliku gastroenteriidi) ilmumisega.
