Toksoplasmoosi ülekandumise tõenäosus lootele varieerub vastavalt rasedusperioodile, mil ema on nakatunud: risk on raseduse alguses madal ja aja jooksul suureneb. Vastupidi, lapse poolt teatatud kahju raskusaste on suurem, niipea kui ema-loote ülekandumine toimub. Kuuendal raseduskuul nakatunud nakkuse korral võib spontaanne abordi, enneaegse sünnituse või sünnijärgse loote puhul esineda korioretiniit, hüdrofaatia (või mikrokefaalia) ja intrakraniaalsed kaltsifikatsioonid. Neid neuroloogilisi sümptomeid võib seostada naha lööbe, nägemisnärvi atroofia, nüstagmi, kollatõbi, müokardiidi ja kopsupõletikuga.
Tõenäolise ja kindlakstehtud emade toksoplasmoosi puhul Toxo testist, et teada saada, kas Toxoplasma gondii on tegelikult ületanud platsentaarbarjääri ja nakatanud lapse, on näidustatud amniotsentees (mitte enne 15. rasedusnädalat). Uuringu käigus võetud ja PCR-iga (polümeeraasi ahelreaktsioon) allutatud amniidivedeliku proov võimaldab kinnitada parasiidi DNA võimalikku esinemist, diagnoosides seeläbi loote infektsiooni. Teisest küljest võib ehhograafilisel jälgimisel ilmneda selged loote kahjustuse märgid (intrakraniaalsed kaltsifikatsioonid, hüdrofaatia, hepatomegaalia, emakasisene kasvupeetus). Pärast sündi kinnitab kaasasündinud toksoplasmoosi kahtlust peamiselt seroloogiliste uuringute ja haiguse tunnuste olemasolu, mis võivad ilmneda isegi aastaid hiljem, eriti ravi puudumisel.
