Jaapani entsefaliit on laialt levinud peaaegu kogu Aasias ja mõnes Okeaania piirkonnas. Infektsiooni tekkimise oht on enamiku reisijate jaoks üldiselt piiratud, kuid sihtkoht, viibimise aeg ja viibimise ajal tehtud tegevused tuleb arvesse võtta.
Ohtlikud piirkonnad on eelkõige maa-ja põllumajandusalad, eelkõige need, mis on mõeldud riisi kasvatamiseks, kus haigus on endeemiline. Siiski ei ole linnakeskuste läheduses asuvad või nende sees olevad juhtumid haruldased, kui on olemas soodsad tingimused sääskede arenguks.
Kagu-Aasias on nakatunud sääskede hammustuste kaudu haigestumise oht kogu aasta, kusjuures esiletõusud monsooni vihmade vastavuses kuivhooaja alguseni; Hiina, Jaapani ja Korea poolsaare mõõdukates piirkondades on ülekanne suurem maist septembrini (vedajate suurem aktiivsus). Endeemilistesse piirkondadesse reisides võib soovitada vaktsineerimist.
