Lisaks individuaalsetele kaitsemeetmetele ja kandja keskkonnakontrollile saab Jaapani entsefaliiti ennetada vaktsineerimisega.
Ixiaro vaktsiini, mille on juba heaks kiitnud FDA (toidu- ja ravimiamet) USAs ja mille on heaks kiitnud EMEA (Euroopa Ravimiamet), manustatakse intramuskulaarselt deltalihasesse piirkonda (õlavarre), kahes annuses, teine annus. mis nakatatakse 4 nädalat pärast esimest. Hea aktiivse immuniseerimise jaoks tuleb vaktsineerimiskursus lõpetada vähemalt üks nädal enne võimalikku kokkupuudet Jaapani entsefaliidi viirusega.
Jaapani entsefaliidi vaktsiini soovitatakse reisijatele, kes viibivad õues endeemilistes piirkondades pikka aega, samal ajal kui nakkuse ülekandumine on kõige tõenäolisem; see ei ole siiski näidustatud alla 18-aastastele isikutele, raseduse ajal ja rinnaga toitmise ajal.
