Antigeen on molekul, mida organismi immuunsüsteem tunneb võõrastena või potentsiaalselt ohtlikuna ja mis võitleb selle vastu antikehade tootmise kaudu. Enamik antigeene on võimelised tootma spetsiifilist immuunvastust, mille eesmärgiks on nende eemaldamine ja T- ja B-lümfotsüütide (nende tuvastamise eest vastutavad samad rakud) koordineerimine.
Antigeensus on antigeeni võime kombineerida spetsiifiliselt selle suhtes spetsiifiliste antikehade ja retseptoritega (T- ja B-rakkudel oleva antigeeni retseptorid); immunogeensus või "immunogeenne" võimsus peegeldab selle asemel antigeeni võimet indutseerida immuunvastust (vahendatud T- ja B-rakkude poolt). Seetõttu on iga immunogeenne molekul samuti antigeenne, kuid mitte kõik antigeenid on immunogeensed.
Antigeene võib klassifitseerida endogeenseteks või eksogeenseteks, sõltuvalt sellest, kas neil on põlisrahvaste päritolu või mis on võõras organismile. Viimane tungib kehasse bakterite, viiruste, kemikaalide, õietolmu jms kujul. ja sobivad rakud (makrofaagid, monotsüüdid ja neutrofiilide granulotsüüdid) fagotsüüditakse (söödakse ja seeditakse). Mõned seedetrakti jäägid on toodud fagotsüüdi rakumembraanil (klass II MHC) ja T-abistaja lümfotsüüdid, mis eritavad tsütokine, stimuleerides aktiveeritud B-lümfotsüütide, makrofaagide ja teiste osakeste proliferatsiooni. Rakkude sees olevad endogeensed antigeenid töödeldakse ja eksponeeritakse ka rakupinnal (klass I MHC); siin tunnevad nad ära tsütotoksilised T-lümfotsüüdid, mis vabastavad aineid, mis on võimelised nakatunud raku tappa lüüsi või apoptoosi (enesetapu) abil.
Tavaliselt ei võimalda immuunsüsteem antikehi sünteesida oma molekulide vastu (ise); see kontroll ei ole väga efektiivne autoimmuunhaiguste korral, kus otsesed immuunreaktsioonid tekivad keha rakkude suhtes, mis on tunnustatud ja identifitseeritud nii, nagu oleksid need ohtlikud välised ained.
Tavaliselt on antigeenid proteiinsed või polüsahhariidsed, kuid isegi lihtsamad elemendid (metallid, DNA fragmendid jne) võivad muutuda antigeenseteks ja immunogeenseteks, ühendades need organismi enda valkudega ja neid modifitseerides.
